《吉林大學學報(醫學版)》為中文核心期刊和中國科技核心期刊，主要報道醫學科學研究的新理論、新方法和新技術，設有基礎研究、臨床研究、臨床醫學、影像學、調查研究、技術交流及綜述等欄目，被荷蘭《醫學文摘》和《 CA 》等 20 余種國內外數據庫收錄。
根據中國科學技術信息研究所2009年版《中國科技期刊引證報告(核心版)》收錄的1868種中國科技論文統計源期刊的統計報告，2008年《吉林大學學報(醫學版)》總被引頻次為934、影響因子0.400、被引半衰期4.58(即年指標0.018)、他引率0.88、引用刊數33、擴散因子3.53、權威因子333.69、學科擴散指標0.67、學科影響指標0.57、文獻選出率0.64、參考文獻量2776、平均引文數9.91，在49種醫科大學學報類期刊中總被引頻次排第7名，影響因子排第9名。 [8]
據2019年2月22日中國知網顯示，《吉林大學學報(醫學版)》總被下載1125003次、總被引46662次、(2018版)復合影響因子為0.978、(2018版)綜合影響因子為0.775。 [2]
